在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团

故事发生在遥远的未来世界之中，地球上存在一种身体由宝石形成的宝石人形生命体，这种生命体自打一出现以来就经历着遭人掠夺的悲惨命运，如今，全世界仅剩下28人。来历不明的神秘种族“月人”出现开始掠夺宝石人，

未知

邪恶的奈落与犬夜叉一行的战争愈演愈烈，为了保护心脏不受伤害，他在白灵山分离出一个能洞察人类心灵的婴儿，并将心脏托其保管。在此之后，婴儿被某高僧砍作两半，变成白童子和赤子。当得知奈落心脏的重要性时，这两

主人公水野贵弘过去在日本的马上长矛比武中所向披靡，于是为了测试自己的实力而到了国外留学进而参加更多大赛。在一次的大会中意外的受伤而导致败北，而后也从马上长矛比武引退，转修骑士辅助人员。又到了将近马上长

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态