前中情局特工再次遇见过去的一位神秘女人后，他的生活重新回到了杀机四伏的境况中。穷追不舍的杀手、逍遥法外的黑暗组织……他必须重拾那些似乎被遗忘的技能。

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

这是有关驱魔师和恶魔之间的故事。传说中，在很久以前，千年伯爵企图要占领地球，但最终被人类消灭。但预言师说，千年伯爵还会再度袭来。而现在，他来了。他欺骗那些因伤心而迷惘的人们，告诉他们复活心爱之人的办法