这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘来到了芳缘地方。但是在到芳缘地

混沌初开，世界分成东西二星，隔空向往，在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星，尾张傻瓜织田信长（宫野真守配音）和属下明智光秀（樱井孝宏配音）、丰臣秀吉（梶裕贵配音）目睹了武田家强大战

火野国中1年级的植木耕助，某天突然得到了“将自己认为是垃圾的东西变成树”的能力，授予他这个能力的是天神候补的天界人小林老师。100名天神候补授予各自选中的中学生以不同的能力，让其战斗，能够选中最强中学